Ниже код на PowerShell для удаления ContentType. Это код для удаления ContentType на уровне сайта, для коллекции сайтов нужно заменить $spweb.AvailableContentTypes на (Get-SPSite http://spdev).RootWeb.AvailableContentTypes[$ctypeName].
Удаление ContentType с сайта и коллекции сайтов SharePoint из PowerShell