Ниже код на PowerShell для удаления ContentType. Это код для удаления ContentType на уровне сайта, для коллекции сайтов нужно заменить $spweb.AvailableContentTypes на (Get-SPSite http://spdev).RootWeb.AvailableContentTypes[$ctypeName].

Удалить ContentType из сайта SharePoint

$spsiteUrl = 'http://spdev'
$ctypeName = 'Content type name' 

$curerntCT = (Get-SPSite $spsiteUrl).RootWeb.AvailableContentTypes[$ctypeName]
$spweb.ContentTypes.Delete($curerntCT.Id) 

Удалить ContentType из коллекции сайтов SharePoint

$spwebUrl = 'http://spdev/testsite/'

$ctypeName = 'Content type name' 

$spweb = Get-SPWeb -Identity $spwebUrl 
$curerntCT = $spweb.AvailableContentTypes[$ctypeName] 
$spweb.ContentTypes.Delete($curerntCT.Id)