После обновления почтового клиента Lotus Notes до 9 версии, гиперссылки из писем стали открываться в Лотусе, а не в браузере. А встроенный браузер хоть и был достаточно функциональным, но далеко не все нужные мне функции работали.
До нужной настройки можно добраться через меню Файл / Параметры (Рис.1).
В закладке Web-browser нужно выбрать пункт "Использовать браузер, выбранный по умолчанию для операционной системы" (Рис.2)